Acho que o problema do coverage é que ao apagar linhas cobertas, vc continua tendo cobertura em tudo o que vc tinha cobertura antes, porém, proporcionalmente, diminui.

Se vc tem 50 linhas cobertas e 50 descobertas (coverage 50%), ao apagar 10 cobertas vc passa a ter 40 linhas cobertas e 50 descobertas (coverage 44.4%). Proporcionalmente, diminuiu, mas tudo o que vc tinha coberto antes continua coberto.

Mas acho que o mais importante é entender que coverage não é uma boa medida de qualidade nem é garantia de qualidade. É muito mais importante cobrir as coisas certas do que ter coverage acima de um valor mínimo arbitrário. Já foram feitas diversas pesquisas sobre isso e os achados são mais ou menos consistentes quanto a isso. Aqui tem algumas referências: https://medium.com/geekculture/seven-unspoken-truths-about-software-tests-4bcf0f720a04#5609